亚州av综合色区无码一区,午夜一区二区三区亚洲影院电影网,天堂а√在线地址,性人久久网av,无码内射成人免费喷射

曉木蟲(chóng)
學(xué)術(shù)數(shù)據(jù)庫(kù)客戶端

科學(xué)家構(gòu)建出目前最高質(zhì)量的植物基因組參考序列

 找回密碼
 注冊(cè)新賬號(hào)

QQ登录

微信登录

科學(xué)家構(gòu)建出目前最高質(zhì)量的植物基因組參考序列

摘要: 　　隨著PacBio單分子實(shí)時(shí)（SMRT）測(cè)序技術(shù)的發(fā)展，利用它已能夠獨(dú)立完成高質(zhì)量基因組草圖的組裝。然而，這些草圖序列中仍然存在多種錯(cuò)誤，比如序列中會(huì)包含有很多嵌合體（即不同位置的序列連接到了一起）或是組裝質(zhì) ...

　　隨著PacBio單分子實(shí)時(shí)（SMRT）測(cè)序技術(shù)的發(fā)展，利用它已能夠獨(dú)立完成高質(zhì)量基因組草圖的組裝。然而，這些草圖序列中仍然存在多種錯(cuò)誤，比如序列中會(huì)包含有很多嵌合體（即不同位置的序列連接到了一起）或是組裝質(zhì)量比較差的區(qū)域等，特別是重復(fù)序列區(qū)域有的沒(méi)有組裝出來(lái)，有的組裝出來(lái)多個(gè)序列，而且這些錯(cuò)誤通常也難以檢測(cè)。另外，單純利用SMRT測(cè)序還只能裝出一個(gè)個(gè)的DNA小片段，而要連成整條染色體的序列，則需要借助于遺傳圖譜，或是最近發(fā)展的Hi-C技術(shù)。然而，簡(jiǎn)單利用這兩個(gè)技術(shù)形成的染色體序列，仍存在很多的缺陷：（1）小的片段難以放到染色體上，導(dǎo)致形成的染色體序列上有大量的缺口；（2）放上的片段中包含有大量的順序排列錯(cuò)誤和序列的方向錯(cuò)誤。這樣形成的染色體用作參考基因組進(jìn)行基因定位，容易漏掉基因或?qū)е洛e(cuò)誤的定位。
　　為了利用現(xiàn)有的技術(shù)進(jìn)行高質(zhì)量的植物基因組組裝，中國(guó)科學(xué)院遺傳與發(fā)育生物學(xué)學(xué)習(xí)所梁承志學(xué)習(xí)組與四川農(nóng)業(yè)大學(xué)教授李仕貴合作，從2014年開(kāi)始對(duì)一個(gè)秈稻基因組蜀恢498（R498）進(jìn)行PacBio單分子測(cè)序，結(jié)合遺傳圖譜和fosmid文庫(kù)測(cè)序，并利用了BioNano光學(xué)圖譜的驗(yàn)證，最后得到一個(gè)長(zhǎng)度為390.3 Mb的基因組，共由17個(gè)連續(xù)DNA片段（Super-Contig）組成，包括7條頭尾相連的染色體和5條分成兩個(gè)Super-Contig的染色體。蜀恢498的基因組是目前所有高等動(dòng)植物中組裝質(zhì)量最高的基因組，除了5個(gè)著絲粒重復(fù)序列區(qū)域和其它少數(shù)幾個(gè)串聯(lián)重復(fù)序列區(qū)域，整個(gè)基因組都被組裝了出來(lái)；其基因組完整性和連續(xù)性都大大高于日本晴及擬南芥等基因組，且有更低的錯(cuò)誤率。這個(gè)結(jié)果也顯示了秈稻的基因組大小不超過(guò)395 Mb。他們?cè)赗498序列中發(fā)現(xiàn)了兩個(gè)核仁組織區(qū)，多于日本晴基因組的一個(gè)。通過(guò)比較兩個(gè)基因組上的基因序列可以看出，超過(guò)2/3的基因有序列上的差異，兩個(gè)基因組之間也含有大量的由于轉(zhuǎn)座子獨(dú)立插入導(dǎo)致的結(jié)構(gòu)變異。此外，他們還組裝出了一個(gè)完整的線粒體序列，發(fā)現(xiàn)了日本晴線粒體序列中的幾個(gè)大的錯(cuò)誤，也發(fā)現(xiàn)了目前日本晴基因組參考序列中錯(cuò)誤地?fù)饺肓撕芏嗑�粒體和葉綠體的序列。作為參考基因組，R498序列將被用于秈稻突變基因的定位，及秈稻群體的全基因組關(guān)聯(lián)分析。蜀恢498基因組的完成，顯示了在現(xiàn)有的技術(shù)條件下，得到一個(gè)接近完成并在染色體水平上具有連續(xù)序列的高質(zhì)量參考基因組是可行的，對(duì)于提高目前高等動(dòng)植物基因組的組裝質(zhì)量具有重要的指導(dǎo)意義。
　　該項(xiàng)學(xué)習(xí)于5月4日在自然-通訊（Nature Communications）雜志在線發(fā)表（DOI:10.1038/ncomms15324）。梁承志學(xué)習(xí)組博士生杜會(huì)龍，工作人員于瑩、馬延飛、高強(qiáng)和曹英豪為該論文的共同第一作者。該文通訊作者是梁承志和李仕貴。該學(xué)習(xí)得到了中科院戰(zhàn)略性先導(dǎo)專項(xiàng)和國(guó)家自然科學(xué)基金項(xiàng)目的資助。



　　蜀恢498和日本晴全基因的比較顯示了染色體端粒的有無(wú)及二者之間的結(jié)構(gòu)變異分布。科學(xué)家構(gòu)建出目前最高質(zhì)量的植物基因組參考序列  |  責(zé)任編輯：蟲(chóng)子
返回頂部