摘要: 11月29日，美國國家科學院院刊（PNAS）在線發(fā)表了中國科學院上海藥物學習所蔣華良課題組和美國萊斯大學（Rice University）José N. Onuchic 課題組合作的論文Elucidating the druggable interface of protein-p ...
11月29日，美國國家科學院院刊（PNAS）在線發(fā)表了中國科學院上海藥物學習所蔣華良課題組和美國萊斯大學（Rice University）José N. Onuchic 課題組合作的論文Elucidating the druggable interface of protein-protein interactions using fragment docking and coevolutionary analysis。 該項學習成果在可藥性蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用（PPI）界面預測與識別計算方法發(fā)展方面取得新進展。蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用在細胞命運決定、信號轉(zhuǎn)導等重要生命過程中起重要作用，也是疾病發(fā)生和發(fā)展的重要環(huán)節(jié)。因此，蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用界面已經(jīng)成為新藥發(fā)現(xiàn)的重要靶標。然而，蛋白質(zhì)界面具有作用面積大、相對平坦等特點，不利于藥物分子、特別是小分子藥物結(jié)合，使得基于蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)界面的藥物設計面臨嚴峻挑戰(zhàn)。因此，發(fā)展蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)界面預測理論計算方法及其相應的藥物設計方法，用于細胞信號通路學習和靶向蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)界面的合理藥物設計，是一項十分緊迫并意義重大的學習課題。 基于這樣的需求，蔣華良課題組和Onuchic 課題組合作，綜合應用分子對接和PPI共進化分析方法，發(fā)展了能預測蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用界面的預測方法，該方法以一系列有機小分子碎片與氨基酸殘基作為探針分子，搜索蛋白質(zhì)表面探針分子可緊密結(jié)合的熱點殘基區(qū)域（hot spot），并以此勾勒出蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互結(jié)合的可能位點；進而基于蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)作用殘基共進化分析方法，通過評價蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互結(jié)合位點間偶合強度，確定蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)的準確結(jié)合點。該方法在預測蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用界面的同時，還能預測結(jié)合位點可藥性區(qū)域（藥物可能結(jié)合的區(qū)域），并提供了探針分子在可藥性區(qū)域的多樣性結(jié)合模式，為基于片段的藥物設計提供了直接線索。 該項目獲得中國“973”計劃、中國國家自然科學基金、美國國家基金委員會（NSF）、德州癌癥預防與治療中心基金(Cancer Prevention and Research Institute of Texas)及威爾士基金(Welch Foundation) 的支持。 文章鏈接 蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用理論預測和藥物設計新計算方法學習獲進展 來源:上海藥物學習所 編輯:葉瑞優(yōu)蛋白質(zhì)-蛋白質(zhì)相互作用理論預測和藥物設計新計算方法研究獲進展 | 責任編輯：蟲子
