本帖最后由 大椿mmm 于 2019-10-22 14:28 編輯
TCGA高通量數(shù)據(jù)挖掘研究技術(shù)會(huì)議 各企事業(yè)單位： 癌癥是臨床醫(yī)學(xué)中非常重要的疾病方向。TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)中包含了常見了40種癌癥方向（含30000個(gè)樣本）的高通量數(shù)據(jù)及臨床信息。大家對(duì)TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的使用近幾年也在逐漸增加。因此，需要我們自己掌握高通量數(shù)據(jù)挖掘的能力以及邏輯性的生信分析思路，從海量信息中獲得自己想要的關(guān)鍵基因！ 隨著大數(shù)據(jù)時(shí)代的到來，各種生物類公共數(shù)據(jù)庫(kù)井噴，其中就包括癌癥領(lǐng)域熟為人知的癌癥基因圖譜The Cancer Genome Atlas (TCGA)數(shù)據(jù)庫(kù)。臨床科研人員有沒有一種方法可以不做實(shí)驗(yàn)不查病史，直接調(diào)用現(xiàn)有數(shù)據(jù)發(fā)表SCI論文呢？癌癥公共數(shù)據(jù)庫(kù)即提供了這樣的可能。本次學(xué)習(xí)班講授癌癥領(lǐng)域熟為人知的癌癥基因圖譜The Cancer Genome Atlas（TCGA）數(shù)據(jù)庫(kù)。TCGA由NCI牽頭，作為美國(guó)攻克癌計(jì)劃的一個(gè)大項(xiàng)目，系統(tǒng)提供了癌癥多組學(xué)測(cè)序和芯片數(shù)據(jù)，包括Gene expression, DNA methylation, Copy Number Variation, Mutation等結(jié)果，同時(shí)也附有相應(yīng)各測(cè)序樣本的完整臨床資料。TCGA為腫瘤基礎(chǔ)醫(yī)學(xué)和轉(zhuǎn)化醫(yī)學(xué)研究者提供了海量的基因組數(shù)據(jù)和與其關(guān)聯(lián)的臨床數(shù)據(jù),這為挖掘有意義的基因組變化和發(fā)現(xiàn)影響腫瘤起始、發(fā)展、分化、轉(zhuǎn)移等生物學(xué)機(jī)制提供了海量數(shù)據(jù)基礎(chǔ)。 一、時(shí)間地點(diǎn)： 2019年11月22日--11月24日 上海 （第一天報(bào)到，授課兩天） 二、學(xué)習(xí)目標(biāo)： 通過整整兩天的培訓(xùn)，掌握TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的使用、下載及分析思路和實(shí)用操作知識(shí)點(diǎn)。 1：TCGA數(shù)據(jù)下載與臨床數(shù)據(jù)清理 2：差異表達(dá)分析、火山圖、pathway分析 3：TCGA臨床數(shù)據(jù)基線分析及功能富集分析 4：生存分析，生存作圖 5：臨床預(yù)測(cè)模型建構(gòu) 三、主講專家： 主講老師湯教授，從事生物統(tǒng)計(jì)學(xué)，高維數(shù)據(jù)分析，貝葉斯統(tǒng)計(jì)學(xué)，TCGA及SEER等癌癥數(shù)據(jù)庫(kù)研究多年。系美國(guó)阿拉巴馬大學(xué)伯明翰分校生物，統(tǒng)計(jì)系訪問學(xué)者，中國(guó)衛(wèi)生信息學(xué)會(huì)衛(wèi)生統(tǒng)計(jì)理論與方法專業(yè)委員會(huì)委員，國(guó)際生物統(tǒng)計(jì)學(xué)會(huì)中國(guó)分會(huì)會(huì)員。國(guó)家自然科學(xué)基金通訊評(píng)審人，是多個(gè)國(guó)際SCI雜志的審稿人。對(duì)于R軟件及對(duì)于論文撰寫發(fā)表等方面，有極為獨(dú)到深刻的理解。和SCI文章速錄對(duì)這些數(shù)據(jù)進(jìn)行分析，并從臨床角度出發(fā)，把測(cè)序數(shù)據(jù)與臨床資料相結(jié)合，為臨床醫(yī)生提供科研思路，為自身科研服務(wù)。 主講老師先后主持國(guó)家自然科學(xué)基金3項(xiàng)，在國(guó)際主流學(xué)術(shù)期刊《Bioinformatics》、《Heredity》、《Genetics》、《BMC Bioinformatics》等雜志上發(fā)表論文40余篇。參編專著《生物等效性試驗(yàn)實(shí)用指南》一部，獲得2012年教育部高等學(xué)校科學(xué)技術(shù)進(jìn)步獎(jiǎng)1項(xiàng)。湯老師講課風(fēng)格幽默，對(duì)待學(xué)員認(rèn)真負(fù)責(zé)。深得廣大學(xué)員的一致好評(píng)。 湯老師寄語(yǔ)：鼓勵(lì)大家?guī)е唧w的課題和研究前來參會(huì)研究探討，這樣會(huì)有更好的授課效果。本次會(huì)議我們將著重學(xué)習(xí)高通量數(shù)據(jù)挖掘的能力以及邏輯性的生信分析思路，從海量信息中獲得自己想要的關(guān)鍵基因！歡迎大家前來參會(huì)！另祝我們此次在上海的會(huì)議圓滿成功！ 四、課程大綱： 時(shí)間安排 | | | | | | | 2，TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)介紹 3，T CGA數(shù)據(jù)下載與臨床數(shù)據(jù)清理 4，表達(dá)數(shù)據(jù)下載與清理 | TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)：最全的癌癥高通量數(shù)據(jù)公共庫(kù)(簡(jiǎn)介) TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的產(chǎn)生過程 TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)的介紹和使用（包含了轉(zhuǎn)錄組、基因組、表觀組和臨床信息數(shù)據(jù)） TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)癌癥數(shù)據(jù)下載： RNA-seq數(shù)據(jù)、miRNA-seq數(shù)據(jù)、甲基化數(shù)據(jù)、基因組數(shù)據(jù)及臨床信息數(shù)據(jù)的下載TCGA數(shù)據(jù)庫(kù)癌癥數(shù)據(jù)的處理 獲得關(guān)鍵mRNA、miRNA的表達(dá)譜矩陣。 | | 1， 差異表達(dá)分析， 2， 火山圖，pathway分析 3， TCGA臨床數(shù)據(jù)基線分析 4， 多元Logistic 回歸， | TCGA數(shù)據(jù)分析 突變分析 差異分析 關(guān)聯(lián)分析 功能富集分析 GO富集 KEGG pathway富集分析 基線分析 火山圖 | | 5， 生存分析，生存作圖， 6， 缺失值處理 7， 預(yù)測(cè)模型構(gòu)建。 | 生存分析，獲得生存曲線圖（KM曲線，分為臨床因素和基因表達(dá)兩種KM曲線） 交互作用，放療敏感性分析 在電腦上快速完成從頭到尾的一套數(shù)據(jù)實(shí)戰(zhàn) 基于一整套流程的思路演練 現(xiàn)場(chǎng)答疑。 |
五、參會(huì)費(fèi)用： A類:3200元/人；（含會(huì)議費(fèi)、資料費(fèi)。食宿可統(tǒng)一安排，費(fèi)用自理） B類:4700元/人；（生物信息工程師證書于會(huì)議結(jié)束后三十個(gè)工作日內(nèi)郵寄。） 參加B類培訓(xùn)學(xué)員可獲得由國(guó)家職業(yè)資格考試認(rèn)證中心頒發(fā)的《生物信息工程師》證書，該證書全國(guó)統(tǒng)一認(rèn)證使用，聯(lián)網(wǎng)注冊(cè)。該證書不僅是對(duì)您職業(yè)技能的肯定，更對(duì)您職稱評(píng)定、就業(yè)求職、晉升加薪等方面有很大幫助。并可作為您的專業(yè)技能憑證及法律公正。 注：參加B類培訓(xùn)學(xué)員請(qǐng)?zhí)崆皽?zhǔn)備身份證復(fù)印件、學(xué)歷證明復(fù)印件各1份，2寸藍(lán)底證件照4張；請(qǐng)于照片背面標(biāo)注姓名，于會(huì)議現(xiàn)場(chǎng)交給會(huì)場(chǎng)工作人員。 優(yōu)惠方式： 1、11月5日前報(bào)名學(xué)員，減免200元； 2、三人組團(tuán)報(bào)名，每人優(yōu)惠500元或額外免費(fèi)贈(zèng)送一個(gè)參會(huì)名額。（3+1） 3、學(xué)生憑借有效在讀證明優(yōu)惠200元。
報(bào)名方式等更多信息請(qǐng)查閱附件正式文件
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