論文撤回越來越多，然而文獻(xiàn)庫(kù)依然充斥著大量有缺陷的科研論文。是時(shí)候改革論文出版方式了么？
來源 The Scientist
作者 Bob Grant
翻譯 李可人
審校 譚坤
這種令人遺憾的事已經(jīng)變得太常見了：科研人員被懷疑篡改數(shù)據(jù)，引發(fā)調(diào)查，論文被期刊撤回，違規(guī)的科學(xué)家受到處罰。雖然不當(dāng)行為和隨后的論文撤回引發(fā)了科學(xué)界對(duì)研究可重復(fù)性的更多關(guān)注，但這些其實(shí)只是有缺陷的研究中的少數(shù)。多數(shù)涉及結(jié)果不準(zhǔn)確、細(xì)胞培養(yǎng)含有雜質(zhì)、使用了錯(cuò)誤抗體或分析了污染的 DNA 等問題的文章都是無心之過。大量類似的論文還留在科學(xué)文獻(xiàn)中，無人更正。
“我認(rèn)為造假和錯(cuò)誤并非迥然不同，而是一個(gè)連續(xù)體的兩端，而人們對(duì)不涉及造假的錯(cuò)誤太過容忍�！� 哥倫比亞大學(xué)的統(tǒng)計(jì)學(xué)家安德魯·格爾曼( Andrew Gelman) 表示。他撰寫過有關(guān)科學(xué)文獻(xiàn)中的論文撤回和可重復(fù)性問題的博客。
這些“僵尸論文”（Zombie Papers，化用學(xué)術(shù)出版界看門人雷昂尼·施耐德，Leonid Schneider 發(fā)明的術(shù)語）是無害的，是過時(shí)的方法論的遺跡，是一種存于歷史記錄中的、不太好用的試劑？還是像那些蓄意偽造的報(bào)告一樣令人擔(dān)憂，需要被追查并從科學(xué)文獻(xiàn)中徹底清除？
許多研究人員贊同第二種做法。有缺陷的論文，尤其是被大量引用的那些，可能會(huì)持續(xù)傳播錯(cuò)誤的方法或結(jié)論，將資金和人力引向徒勞無功的方向，讓科學(xué)家在搖搖欲墜的概念基礎(chǔ)上搭建理論高樓。這樣一來，僵尸論文將催生更多僵尸論文，危害會(huì)像傳染病一樣傳播擴(kuò)散。
“這是一個(gè)嚴(yán)重問題，而且無處不在，”弗吉尼亞大學(xué)心理學(xué)家，開放科學(xué)中心（Center for Open Science）的創(chuàng)始人布萊恩·諾塞克(Brian Nosek)表示。雖然還不清楚問題有多嚴(yán)重，但格爾曼估計(jì)，有缺陷的論文可能比沒缺陷的還多。他說，“我覺得某些年、一些期刊超過半數(shù)的論文都有重大錯(cuò)誤�！�
隨著期刊上如法制炮的論文大量增加，這支僵尸大軍只會(huì)變得愈發(fā)壯大。諾塞克和格爾曼對(duì)于幾百年來本質(zhì)上毫無改進(jìn)的科學(xué)出版?zhèn)鹘y(tǒng)持批判態(tài)度。他們以及其他一些人表示，是時(shí)候讓出版流程的開始現(xiàn)代化了。過去幾年中，科研人員開始使用新的機(jī)制和方法評(píng)論、標(biāo)注、更正和注釋科學(xué)文獻(xiàn)。有些人希望未來科研人員和出版機(jī)構(gòu)的互動(dòng)方式以及出版成果都能發(fā)生重大轉(zhuǎn)變。
“人們對(duì)于這些問題有了新的看法，”諾塞克表示，“出版也可做巨大變革：對(duì)新證據(jù)的積累作出響應(yīng)，而不是僅僅靜態(tài)記錄人們?cè)诿總�(gè)特定時(shí)刻的觀點(diǎn)�！�
一具僵尸木乃伊
19 世紀(jì) 80 年代初期，斯萬特·帕博（Svante Pääbo）是瑞典烏普薩拉大學(xué)的博士生，研究腺病毒如何阻斷人類的組織相容性抗原，從而不被宿主的免疫系統(tǒng)察覺。然而年輕的帕博、現(xiàn)任德國(guó)萊比錫的馬克斯·普朗克進(jìn)化人類學(xué)研究所主任，有一個(gè)詭秘的副業(yè)。“我上醫(yī)學(xué)院之前學(xué)過埃及學(xué)，所以知道博物館里有成百上千的木乃伊，” 他說，“我想試試看里面是否殘留了 DNA�！迸敛⿵� 23 個(gè)木乃伊中取樣，擦拭樣品以尋找痕量的可用基因材料。他在其中幾個(gè)樣本中找到了一些。他將木乃伊細(xì)胞染色，定位細(xì)胞核，選取了一個(gè)來自 2400 年前死去的兒童的樣本，用當(dāng)時(shí)的默認(rèn)的 DNA 測(cè)序方法——質(zhì)粒載體克隆了樣本的 DNA。在 1985 年寫給期刊《自然》的信中，帕博宣布他對(duì)千年遺跡中的 DNA 進(jìn)行了提取和測(cè)序。
這篇論文促成了目前熱門的古代 DNA 研究領(lǐng)域。帕博成為了該學(xué)科的先鋒，并繼續(xù)從各種早已死去的生物體中提取 DNA，包括已經(jīng)滅絕的長(zhǎng)毛象和尼安德特人。只有一個(gè)問題：帕博測(cè)序的長(zhǎng)毛象 DNA 根本不是長(zhǎng)毛象的。帕博本人在近十年后，借助自 1986 年以來廣泛采用的聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)這一新方法，發(fā)現(xiàn)他分離的基因材料實(shí)際上來自現(xiàn)代人類，很可能來自于當(dāng)時(shí)同時(shí)進(jìn)行的抗原研究�！笆潞罂磥�，當(dāng)時(shí)的材料肯定被污染了，”帕博說道。
1994 年，帕博重新檢查了原始的木乃伊數(shù)據(jù)并發(fā)現(xiàn)了這一錯(cuò)誤，他和同事在一篇《自然》論文中簡(jiǎn)短地承認(rèn)了錯(cuò)誤，并介紹了他們使用的保證避免污染的方法，對(duì)古代長(zhǎng)毛象進(jìn)行的 DNA 測(cè)序。我們“相信"污染是分子考古學(xué)領(lǐng)域的重大問題，”帕博和他的共同作者寫道，并指出通過分子克隆獲取的序列格外容易受到污染，因此“只有有限的科學(xué)價(jià)值�！比欢�20 多年后，帕博仍然沒有對(duì) 1985 年的木乃伊 DNA 論文作任何更正或勘誤。
雖然帕博坦承自己博士階段的錯(cuò)誤，但他認(rèn)為那篇論文不需要正式的修正，更不必撤回，原因有三。首先，論文中的方法論已經(jīng)完全被更先進(jìn)的技術(shù)取代，如聚合酶鏈?zhǔn)椒磻?yīng)，以及之后的靶向性測(cè)序文庫(kù)制備和 DNA 直接捕獲，沒有人會(huì)繼續(xù)采用質(zhì)粒克隆方法，并得出類似的錯(cuò)誤結(jié)論。其次，他在那篇論文中給出的細(xì)胞染色結(jié)果是正確的�！翱偟膩碚f，我不認(rèn)為 1985 年那篇論文算是‘僵尸論文’。如果現(xiàn)在有人引用那篇論文，就是為了說明古代組織樣本中的 DNA 是可以提取和研究的，”他在寫給《科學(xué)家》（The Scientist）的郵件中說道，“即使具體的 DNA 測(cè)序結(jié)果有誤，這個(gè)結(jié)論依然成立�！钡谌�1985 年那篇論文更是一個(gè)概念驗(yàn)證，而無意成為未來研究的基礎(chǔ)，他說，“我們并未根據(jù)基因測(cè)序得出有關(guān)埃及歷史或任何事情的結(jié)論或推測(cè)�！�
《自然》似乎也認(rèn)為，這篇根據(jù) Google Scholar 統(tǒng)計(jì)共被引用 560 次的論文，應(yīng)該被當(dāng)做歷史遺跡，而不是科學(xué)文獻(xiàn)的污點(diǎn)�！凹夹g(shù)改進(jìn)以后，科學(xué)也隨之改革。而新的技術(shù)，方法和證據(jù)會(huì)引發(fā)對(duì)原有發(fā)現(xiàn)的重新詮釋或提煉，”《自然》的編輯政策總監(jiān)索婭·斯萬米娜森 （Sowmya Swaminathan）在寫給《科學(xué)家》的郵件中說道，“研究人員認(rèn)可這是科學(xué)進(jìn)化的一部分�！�
前分子生物學(xué)家雷昂尼·施耐德現(xiàn)在是獨(dú)立科學(xué)記者，經(jīng)常撰寫有關(guān)科學(xué)出版和研究中不當(dāng)行為的文章。他也同意 1985 年的那篇論文有其價(jià)值，但他仍提議帕博應(yīng)該有所行動(dòng)，不是為了防范重大科學(xué)事故，而是出于學(xué)術(shù)信仰。“我還是建議帕博隨文章發(fā)表一篇聲明，”他說，“這樣每當(dāng)有人點(diǎn)擊了來自原始出版商的論文鏈接，就能看到一篇聲明，明白這篇文章中的哪些內(nèi)容不再可信。我認(rèn)為這是他的責(zé)任，盡管已經(jīng)過去了三十年�！�
© KRIS MUKAI
出版業(yè)現(xiàn)狀
在當(dāng)今的數(shù)字出版時(shí)代，相比帕博 1985 年的木乃伊 DNA 論文，有缺陷的研究更易迅速引來批評(píng)。比如在 2010 年 12 月，當(dāng)時(shí) NASA 的研究員費(fèi)麗莎·烏爾夫-西蒙（Felisa Wolfe-Simon）和同事合作發(fā)表了一篇論文，證明從加州莫諾湖采集到的 γ-變形菌能夠用砷代替必需元素磷，從而在缺乏磷但富含砷的環(huán)境中生長(zhǎng)。但在 NASA 召開新聞發(fā)布會(huì)，并將文稿發(fā)表在《科學(xué)》的網(wǎng)站后，對(duì)這篇論文的批評(píng)隨之而來。
數(shù)十名研究人員通過博客、論壇或直接聯(lián)系《科學(xué)》期刊，表示他們發(fā)現(xiàn)這項(xiàng)研究存在實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)和實(shí)驗(yàn)結(jié)果詮釋上的問題。期刊刊登了大部分的辯論內(nèi)容，包括作者的回復(fù)，以及一篇詳細(xì)描述相關(guān)爭(zhēng)議的科學(xué)故事。用戶在網(wǎng)站上瀏覽這篇論文時(shí)，就會(huì)看到這些資料的鏈接列表�！斑@篇論文的相關(guān)學(xué)術(shù)記錄經(jīng)過了大量更正，反映了科學(xué)界引發(fā)疑問的數(shù)量和嚴(yán)肅性，”《科學(xué)》期刊主編瑪西亞·麥納特表示，“《科學(xué)》此次打包刊登的專業(yè)回復(fù)和評(píng)論的數(shù)量前所未有�！辈贿^，這篇論文依然未被更正或撤回，主要因?yàn)樽髡邎?jiān)持結(jié)果準(zhǔn)確。
科學(xué)文獻(xiàn)中到底還有多少論文像這篇砷基生物研究一樣存在缺陷，誰也不知道。不過很可能是個(gè)極大的數(shù)字，尤其是如果不僅考慮有明顯錯(cuò)誤的論文，而是把所有方法或結(jié)論已經(jīng)過時(shí)的論文也計(jì)算在內(nèi)的話�！懊科撐亩加绣e(cuò)誤�？茖W(xué)就是這樣，不是嗎？”諾塞克說，“我們不理解某個(gè)現(xiàn)象，所以做了點(diǎn)研究，得到了一些發(fā)現(xiàn)，于是我們多了一些知識(shí)，向遠(yuǎn)離錯(cuò)誤的方向邁進(jìn)了一步�！�
當(dāng)然，修正和撤回這么多有缺陷的論文并不實(shí)際。亞拉巴馬州大學(xué)伯明翰分校的肥胖癥研究人員戴維·艾里森（David Allison）最近剛剛體驗(yàn)過對(duì)抗僵尸論文大軍的挑戰(zhàn)：去年，他和幾個(gè)同行開始尋找并更正已發(fā)表論文中的錯(cuò)誤。他們花了18個(gè)月，鉆研了肥胖癥、動(dòng)能學(xué)和營(yíng)養(yǎng)學(xué)等各自研究領(lǐng)域內(nèi)的論文，共找到了幾十處確定需要改正的錯(cuò)誤。同時(shí)，他們也發(fā)現(xiàn)想要改正錯(cuò)誤或撤回論文是件難事�！霸趪L試過和作者或期刊溝通至少 25 處錯(cuò)誤以后，我們不得不放棄，因?yàn)樘M(fèi)時(shí)間了。”艾里森和共同作者在《自然》今年二月的一篇評(píng)論文章中寫道。
艾里森表示，當(dāng)他和共同作者指出論文中的錯(cuò)誤時(shí)（典型的為統(tǒng)計(jì)分析或者實(shí)驗(yàn)設(shè)計(jì)上的問題），往往會(huì)遭到原作者的抗拒�！皼]有人愿意被當(dāng)眾指出錯(cuò)誤，”艾里森告訴《科學(xué)家》，“我們都知道這些錯(cuò)誤必須得到更正，但這是件苦差事。我們也真的不想看到嚴(yán)重的錯(cuò)誤�！卑锷屯码S后把他們發(fā)現(xiàn)的問題告訴各期刊編輯，但多數(shù)編輯早已被新的、待發(fā)表的稿件淹沒，沒有精力去復(fù)審已經(jīng)出版的論文�！熬庉嫿鉀Q這個(gè)問題也很花時(shí)間，”艾里森說，“對(duì)誰來說這都是吃力不討好的工作，我覺得這是那么多錯(cuò)誤沒被更正的重要原因�！�
勇敢新世界
根除可疑論文的一個(gè)辦法是發(fā)表后同行評(píng)議和線上評(píng)論，這在 Faculty of 1000 (F1000)、 PubMed Commons 和 PubPeer 等網(wǎng)站上已經(jīng)很普遍了，一些傳統(tǒng)出版商的官方網(wǎng)站也有評(píng)論功能。然而這種做法面臨著各種挑戰(zhàn)�！坝袔准移诳�(jīng)開放過網(wǎng)上評(píng)論，后來又關(guān)閉了這項(xiàng)功能，”《科學(xué)》主編麥納特在郵件中寫道，“大多數(shù)期刊并沒有足夠的人力來監(jiān)控評(píng)論區(qū)，維持文明、建設(shè)性的討論�！�
匿名性也是一個(gè)問題。PubPeer 去年因?yàn)樵试S用戶匿名發(fā)表評(píng)論而受到猛烈批評(píng)。PubPeer 的創(chuàng)始人保留了他們的可匿名性，但站出來回應(yīng)了批評(píng)。他們反駁道，匿名評(píng)論并不比注冊(cè)用戶的評(píng)論要低一等，并在十月的一篇博文中寫道，允許用戶發(fā)表匿名評(píng)論是“對(duì)法律攻擊和網(wǎng)站安全問題的唯一有效防衛(wèi)�！�
一些研究人員指出，在現(xiàn)有基礎(chǔ)上搭建新系統(tǒng)是不夠的，為達(dá)到審查文獻(xiàn)的目的，需要一個(gè)全新的，能保羅萬象的科學(xué)出版方式�！拔覀兡壳暗某霭骟w系為將就而成，卻統(tǒng)治了整個(gè)科學(xué)界而從未被評(píng)估，”諾塞克說。他理想中的系統(tǒng)，應(yīng)該能夠幫助人們根據(jù)所有現(xiàn)有的證據(jù)，評(píng)估一項(xiàng)研究的價(jià)值。正如帕博在 1985 年錯(cuò)誤地鑒定了木乃伊 DNA，并在九年后發(fā)表的另一篇論文中承認(rèn)自己的錯(cuò)誤，“任何兩篇科學(xué)文獻(xiàn)之間幾乎沒有任何直接關(guān)聯(lián)，”諾塞克說，“要解決這個(gè)問題，必須更好地展示真正的科學(xué)進(jìn)程，也就是知識(shí)的積累過程。”
為了創(chuàng)造這種科學(xué)文獻(xiàn)間的關(guān)聯(lián)，諾塞克在過去的兩年中，協(xié)助搭建了名為“共享研究生態(tài)系統(tǒng)”（ SHared Access Research Ecosystem, SHARE ）的通知服務(wù)，這項(xiàng)服務(wù)的合作方包括諾塞克自己的開放科學(xué)中心、研究圖書館協(xié)會(huì)、美國(guó)學(xué)院與大學(xué)協(xié)會(huì)，以及美國(guó)公立與贈(zèng)地大學(xué)協(xié)會(huì)。“我們?cè)趪L試建立統(tǒng)一的、開源的研究事件數(shù)據(jù)庫(kù)，不僅包含已發(fā)表的論文，還包括科研經(jīng)費(fèi)、臨床試驗(yàn)、論文撤回以及其它一切科研事件，”諾塞克表示。這個(gè)龐大的數(shù)據(jù)庫(kù)建成之后，他補(bǔ)充道，“下一步是要找到漂亮的展示方法，將不同的研究文獻(xiàn)聯(lián)系起來。這樣，搜索和發(fā)現(xiàn)論文更正等信息就容易多了。”
在諾塞克預(yù)見的未來，科學(xué)論文不再是一幅當(dāng)前知識(shí)的靜物畫，而是作者可以不斷根據(jù)新知識(shí)更新的動(dòng)態(tài)實(shí)體�！艾F(xiàn)在一篇論文就是一篇論文，而且永遠(yuǎn)不變，”諾塞克說，“然而當(dāng)新研究出現(xiàn)時(shí)，我們應(yīng)該能夠修訂過去的論文，創(chuàng)造出新的版本。論文永遠(yuǎn)不會(huì)‘完成’，因?yàn)槲覀儗?duì)特定現(xiàn)象的理解還處于某個(gè)階段。所以你可以想象，人們的職業(yè)生涯就是不斷修正關(guān)于特定現(xiàn)象的同一篇論文�！�
SHARE 項(xiàng)目，以及它在歐洲的關(guān)聯(lián)項(xiàng)目 OpenAIRE 是可行的，諾塞克說。關(guān)鍵是要發(fā)展出相關(guān)技術(shù)，把與所有論文相關(guān)的海量信息轉(zhuǎn)化為一條可供檢索的通道，讓科學(xué)家能夠搜索、排序和過濾與某篇論文相關(guān)的信息。諾塞克承認(rèn)，把所有科學(xué)文獻(xiàn)，連同圍繞出版論文的其它討論集中起來，會(huì)是個(gè)大工程。但這可以做到，因?yàn)橐呀?jīng)有了一個(gè)先例。“在互聯(lián)網(wǎng)的新聞和媒體信息方面中，這個(gè)問題已經(jīng)被有效解決了，”他說。谷歌等搜索引擎為用戶提供了在海量信息中搜索的工具，人們從而能夠融會(huì)大量信息，并尋找到所需的部分。
至少開放獲取的《F1000-研究》期刊已經(jīng)允許作者在提交論文后，根據(jù)其他用戶的評(píng)論，進(jìn)行發(fā)表后更正，并同時(shí)發(fā)布修改后的和過往版本，來創(chuàng)造“活著的”的科學(xué)研究�！拔液芨吲d看到 F1000 和其它團(tuán)隊(duì)嘗試新的模式，”諾塞克說。但真正的挑戰(zhàn)是讓科學(xué)界廣泛認(rèn)同并采用這種新的系統(tǒng)�？蒲腥藛T和編輯都必須能夠自由提交稿件、評(píng)論、數(shù)據(jù)以及論文評(píng)議�！耙堰@種基礎(chǔ)體系應(yīng)用到出版流程中，我們必須改變自己對(duì)出版的認(rèn)識(shí)，”諾塞克說。
“我們都知道不能輕信論文的預(yù)印版，” 哥倫比亞大學(xué)的格爾曼補(bǔ)充道，“我覺得我們對(duì)已發(fā)表的論文也應(yīng)該持同樣的態(tài)度�！�
不僅如此，艾里森說，科學(xué)界應(yīng)該更新對(duì)數(shù)據(jù)和研究結(jié)果所有權(quán)的認(rèn)識(shí)�！把芯咳藛T在一段時(shí)間內(nèi)會(huì)負(fù)責(zé)這些數(shù)據(jù)，但它們歸根結(jié)底是屬于公眾的�！� 他說，“而這種認(rèn)識(shí)不會(huì)在一夕之間改變�！�
因此帕博的木乃伊 DNA、砷基生命和其它數(shù)不勝數(shù)的僵尸論文很可能將繼續(xù)存于科學(xué)文獻(xiàn)中，但還有一線希望，科學(xué)界會(huì)采納更現(xiàn)代的出版和結(jié)果修正方式，論文會(huì)變得更加動(dòng)態(tài)，僵尸大軍的增速將有所減緩。
僵尸論文污染學(xué)術(shù)圈，研究者如何應(yīng)對(duì)？ |
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